Projeler
Geliştirdiğim araştırma iş akışları, onların arkasındaki hesaplama altyapısı ve bu sunucuda hemen deneyebileceğiniz iki şey.
Proteom genelinde hedef dışı tarama
Araştırma iş akışı
Bir ilaç başka nerelere bağlanır? Bu iş akışı onaylı bir grup kinaz inhibitörünü insan proteomundaki ve bir nematod model organizmasındaki tahmin edilmiş tüm protein yapılarına karşı tarar.
- Her proteom için tahmin edilmiş yapılar.
- Cep tespiti ve bilinen bağlanma bölgesine karşı cep benzerliği araması.
- Her bileşiğin benzer ceplere ters yerleştirmesi ve ligand verimliliğine göre sıralama.
- Etkileşim ağında merkezi konumdaki adayları bulmak için ağ puanlaması.
- Hangi adayların biyolojik olarak makul olduğunu değerlendirmek için türler arası ifade verileri.
Çıktı, deneysel takip için sıralanmış bir aday hedef dışı protein listesidir. İş akışı, öngörülerinin insan hücre hatlarında ve nematodda test edilebileceği biçimde tasarlandı.
Sentetik reseptör tasarımı
Araştırma iş akışı
Moleküler baskılanmış polimerler, bir hedefin etrafında şekillendirilen sentetik reseptörlerdir. Bu iş akışı protein hedefleri için adayları tamamen bilgisayar ortamında tasarlar.
- Bir monomer setinden reaksiyon kurallarıyla kimyasal olarak geçerli oligomerler türetilir. Zincirler genişlik öncelikli ya da derinlik öncelikli uzatılır ve iş, küme iş dizilerine dağıtılır.
- Kütüphanenin tamamı GPU hızlandırmalı yerleştirme ile hedefe karşı taranır.
- Her pozun etkileşimleri profillenir ve benzer bağlanma biçimleri kümelenir.
- En iyi adaylar moleküler dinamik için hazırlanır.
Adaylar ağırlıklı bileşik bir puan yerine ham, gözlemlenebilir ölçütlere göre art arda sıralanır. Böylece sıralamanın her adımı elle kontrol edilebilir.
GPU'larda daha hızlı moleküler dinamik
Performans karşılaştırma çalışması
Uzun simülasyonlar ancak tamamlanırlarsa işe yarar. Bu çalışma, donanım seçimlerinin ve çalıştırma ayarlarının GPU'larda simülasyon hızını nasıl değiştirdiğini ölçtü. Amaç, hesaplama süresinin beklemeye değil örneklemeye gitmesiydi. Çalışma en iyi poster ödülü aldı.
Laboratuvar bilişimi ve homelab
Devam ediyor
Donanımdan iş planlamaya kadar laboratuvar iş istasyonlarını ve küçük bir hesaplama laboratuvarını kurdum ve bakımını yaptım. Evde, hizmetlere güvenmeden önce onları test ettiğim bir homelab işletiyorum. Kendi barındırdığım açık kaynaklı dil modelleri de bunlara dahil.
Bu web sitesi
Devam ediyor
Hiçbir barındırma platformu ya da sayfa oluşturucu kullanmadan, elle kurduğum küçük bir bulut sunucusundaki kişisel site. HTTPS'i ve güvenlik başlıklarını Caddy yönetiyor, servisleri systemd ayakta tutuyor, küçük bir toplayıcı da sunucunun durumunu beş dakikada bir kaydediyor.
Bir ziyaretin yolculuğunu görün ya da sunucunun durumuna bakın.
Tamamen tarayıcınızda çalışan küçük programlar. Moleküler dinamik deneme alanında atomların yoğuşup buharlaştığını görebilir, molekülleri 3B olarak inceleyebilir ve birkaç oyun oynayabilirsiniz. Orada yaptığınız hiçbir şey sunucuya gönderilmez.
Oyun alanını açın