Hakkımda

Laboratuvar tezgâhından gelen bir hesaplamalı biyoloğum. Küçük moleküllerin tüm proteom boyunca nasıl davrandığını öngören iş akışları geliştiriyor ve bu öngörüleri deneysel olarak sınamayı seviyorum.

Üzerinde çalıştıklarım

Asıl ilgi alanım polifarmakoloji, yani bir ilacın hedeflenen proteinin dışında nerelere bağlandığı sorusu. Beklenmedik bağlanma ortaklarını bulmak için tüm proteomları tahmin edilmiş protein yapıları, bağlanma cebi karşılaştırması, moleküler yerleştirme (docking) ve moleküler dinamik ile tarıyorum. Ardından ağ analizi ve ifade verileri, hangi adayların test edilmeye değer olduğuna karar vermeye yardımcı oluyor.

İkinci çalışma alanım sentetik reseptörlerin hesaplamalı tasarımı. Bunlar belirli bir proteini tanıyacak biçimde şekillendirilmiş polimerler. Aday kütüphanelerini oluşturuyor, yerleştirme yapıyor ve ayrıntılı simülasyona değer birkaç tasarıma kadar eliyorum.

Nasıl çalışıyorum

Hesaplamanın deneylere yön verdiği, deney sonuçlarının da modelleri iyileştirdiği projeleri tercih ediyorum. Önce moleküler ve hücre biyolojisi eğitimi aldım. Bu yüzden protein saflaştırma, konfokal mikroskopi, hücre kültürü, CRISPR tabanlı yapılar, jel tabanlı proteomik ve bir nematod modelinde davranış deneyleri bana yabancı değil. Yüksek lisans sırasında hesaplamaya geçtim ve ikisini de sürdürdüm.

Akıllıca görünen yöntemler yerine şeffaf yöntemleri tercih ediyorum. Herkesin adım adım izleyebileceği bir sıralama, kimsenin açıklayamadığı bileşik bir puandan daha değerli. Bu konuda kısa bir not yazdım (İngilizce).

Araştırmanın ötesinde

Laboratuvar iş istasyonları ve küçük bir hesaplama laboratuvarı kurup yönettim, uzun simülasyonları ortak HPC kümelerinde çalıştırıyorum. Evde bir homelab işletiyor, açık kaynaklı dil modellerini kendim barındırıyor ve bu sunucuyu elle yönetiyorum.

Başkalarının araştırmaya başlamasına yardım etmekten keyif alıyorum. Lisans araştırma projelerine danışmanlık yaptım, ulusal inovasyon yarışmalarında öğrenci takımlarına liderlik ettim ve okul bilim takımlarına rehberlik ettim. Ayrıca AB tarafından finanse edilen çok uluslu bir projede web geliştirici ve iş paketi asistanı olarak çalıştım.

Kısaca

Hesaplama: Python, RDKit, moleküler yerleştirme, moleküler dinamik, AlphaFold modelleri, ağ analizi
Altyapı: Linux, SLURM, MPI, CUDA, GPU iş istasyonları
Laboratuvarda: Protein saflaştırma, konfokal mikroskopi, hücre kültürü, CRISPR yapıları, 2B jel proteomiği
Model sistemler: İnsan hücre hatları, nematodlar
Şu an öğrendiğim: Web barındırma ve sunucu güvenliği

Diğer profillerim

Burada e-posta adresi paylaşmıyorum. Bana ulaşmak için bu profillerden birinden mesaj gönderebilirsiniz.