Über mich

Ich bin Computerbiologe und komme ursprünglich aus dem Labor. Ich entwickle Pipelines, die vorhersagen, wie sich kleine Moleküle im gesamten Proteom verhalten, und überprüfe diese Vorhersagen gern experimentell.

Woran ich arbeite

Mein Hauptinteresse gilt der Polypharmakologie, also der Frage, wo ein Wirkstoff außer an seinem eigentlichen Ziel bindet. Ich kombiniere vorhergesagte Proteinstrukturen, den Vergleich von Bindetaschen, Docking und Molekulardynamik, um ganze Proteome nach unerwarteten Bindungspartnern zu durchsuchen. Netzwerkanalysen und Expressionsdaten helfen anschließend zu entscheiden, welche Kandidaten einen Test wert sind.

Ein zweiter Schwerpunkt ist das rechnergestützte Design synthetischer Rezeptoren. Das sind Polymere, die so geformt sind, dass sie ein bestimmtes Protein erkennen. Ich erstelle die Kandidatenbibliotheken, docke sie und filtere sie auf die wenigen Entwürfe herunter, die eine detaillierte Simulation lohnen.

Wie ich arbeite

Ich bevorzuge Projekte, in denen Berechnungen die Experimente leiten und die Ergebnisse der Experimente die Modelle verbessern. Ausgebildet wurde ich zuerst in Molekular- und Zellbiologie. Proteinaufreinigung, Konfokalmikroskopie, Zellkultur, CRISPR-basierte Konstrukte, gelbasierte Proteomik und Verhaltensassays an einem Nematodenmodell sind mir daher vertraut. Während meines Masterstudiums kam die rechnergestützte Arbeit hinzu, und ich bin bei beidem geblieben.

Ich ziehe transparente Methoden cleveren vor. Eine Rangfolge, die jeder nachvollziehen kann, ist mir mehr wert als ein zusammengesetzter Score, den niemand erklären kann. Dazu habe ich eine kurze Notiz geschrieben (auf Englisch).

Jenseits der Forschung

Ich habe Laborarbeitsplätze und ein kleines Rechenlabor eingerichtet und betreut, und ich lasse lange Simulationen auf gemeinsam genutzten HPC-Clustern laufen. Zu Hause betreibe ich ein Homelab, hoste Open-Source-Sprachmodelle selbst und halte diesen Server von Hand am Laufen.

Ich helfe gern anderen beim Einstieg in die Forschung. Ich habe studentische Forschungsprojekte betreut, Studierendenteams in nationalen Innovationswettbewerben geleitet und Schulteams in den Naturwissenschaften beraten. Außerdem war ich Webentwickler und Work-Package-Assistent in einem multinationalen, EU-geförderten Projekt.

Auf einen Blick

Rechnergestützt: Python, RDKit, molekulares Docking, Molekulardynamik, AlphaFold-Modelle, Netzwerkanalyse
Infrastruktur: Linux, SLURM, MPI, CUDA, GPU-Workstations
Im Labor: Proteinaufreinigung, Konfokalmikroskopie, Zellkultur, CRISPR-Konstrukte, 2D-Gel-Proteomik
Modellsysteme: Humane Zelllinien, Nematoden
Lerne gerade: Webhosting und Serversicherheit

Anderswo

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