O mně

Jsem výpočetní biolog, který začínal u laboratorního stolu. Vyvíjím pipeline, které předpovídají chování malých molekul v celém proteomu, a rád tyto předpovědi ověřuji experimentálně.

Na čem pracuji

Mým hlavním zájmem je polyfarmakologie, tedy otázka, kde se léčivo váže kromě svého zamýšleného cíle. Kombinuji predikované struktury proteinů, porovnávání vazebných kapes, docking a molekulovou dynamiku a prohledávám celé proteomy kvůli neočekávaným vazebným partnerům. Síťová analýza a expresní data pak pomáhají rozhodnout, kteří kandidáti stojí za ověření.

Druhým směrem je výpočetní návrh syntetických receptorů. Jsou to polymery tvarované tak, aby rozpoznaly jeden konkrétní protein. Sestavuji knihovny kandidátů, dokuji je a filtruji až na několik návrhů, které stojí za podrobnou simulaci.

Jak pracuji

Dávám přednost projektům, kde výpočty řídí experimenty a výsledky experimentů zpětně zpřesňují modely. Nejprve jsem se vyškolil v molekulární a buněčné biologii, takže purifikace proteinů, konfokální mikroskopie, buněčné kultury, konstrukty založené na CRISPR, gelová proteomika a behaviorální testy na modelu hlístice jsou mi blízké. K výpočtům jsem přešel během magisterského studia a ponechal si obojí.

Dávám přednost průhledným metodám před důmyslnými. Pořadí, které si kdokoli dokáže zpětně ověřit, má pro mě větší cenu než složené skóre, které nikdo neumí vysvětlit. Napsal jsem o tom krátkou poznámku (anglicky).

Mimo výzkum

Zřídil jsem a spravoval laboratorní pracovní stanice i malou výpočetní laboratoř a dlouhé simulace spouštím na sdílených HPC clusterech. Doma provozuji homelab, sám hostuji open-source jazykové modely a tento server spravuji ručně.

Rád pomáhám ostatním s prvními kroky ve výzkumu. Vedl jsem výzkumné projekty studentů bakalářského studia a studentské týmy v národních inovačních soutěžích a radil jsem školním vědeckým týmům. Pracoval jsem také jako webový vývojář a asistent pracovního balíčku v mezinárodním projektu financovaném EU.

Ve zkratce

Výpočty: Python, RDKit, molekulární docking, molekulová dynamika, modely AlphaFold, síťová analýza
Infrastruktura: Linux, SLURM, MPI, CUDA, GPU pracovní stanice
V laboratoři: Purifikace proteinů, konfokální mikroskopie, buněčné kultury, konstrukty CRISPR, 2D gelová proteomika
Modelové systémy: Lidské buněčné linie, hlístice
Právě se učím: Webhosting a zabezpečení serveru

Jinde

E-mailovou adresu zde nezveřejňuji. Ozvěte se mi prosím přes některý z těchto profilů.