Projekty
Výzkumné pipeline, které jsem vytvořil, výpočetní zázemí za nimi a dvě věci, které si na tomto serveru můžete hned vyzkoušet.
Celoproteomový screening vedlejších cílů
Výzkumná pipeline
Kde všude se léčivo ještě váže? Tato pipeline testuje sadu schválených inhibitorů kináz proti všem predikovaným strukturám proteinů v lidském proteomu a v modelovém organismu hlístice.
- Predikované struktury pro každý proteom.
- Detekce kapes a hledání podobnosti se známým vazebným místem.
- Inverzní docking každé sloučeniny do podobných kapes, seřazený podle efektivity ligandu.
- Síťové skórování k nalezení kandidátů v centrálních pozicích interakční sítě.
- Mezidruhová expresní data k posouzení, kteří kandidáti jsou biologicky věrohodní.
Výstupem je seřazený seznam kandidátních vedlejších cílů pro experimentální ověření. Pipeline je navržena tak, aby se její predikce daly testovat v lidských buněčných liniích a v hlístici.
Návrh syntetických receptorů
Výzkumná pipeline
Molekulárně imprintované polymery jsou syntetické receptory vytvarované kolem cílové molekuly. Tato pipeline navrhuje kandidáty pro proteinové cíle zcela in silico.
- Z dané sady monomerů se pomocí reakčních pravidel vyčíslí chemicky platné oligomery. Řetězce se prodlužují do šířky nebo do hloubky a práce se rozloží do polí úloh na clusteru.
- Celá knihovna se dokuje k cíli pomocí dockingu akcelerovaného na GPU.
- Pro každou pózu se vytvoří profil interakcí a podobné vazebné módy se shlukují.
- Nejlepší kandidáti se připraví pro molekulovou dynamiku.
Kandidáti se řadí postupně podle surových, pozorovatelných metrik namísto váženého složeného skóre. Každý krok pořadí lze proto zkontrolovat ručně.
Rychlejší molekulová dynamika na GPU
Srovnávací studie
Dlouhé simulace mají smysl jen tehdy, když doběhnou. Tato studie měřila, jak volba hardwaru a nastavení běhu mění propustnost simulací na GPU, aby výpočetní čas šel do vzorkování, a ne do čekání. Získala ocenění za nejlepší poster.
Laboratorní výpočetní technika a homelab
Probíhá
Postavil jsem a spravoval laboratorní pracovní stanice a malou výpočetní laboratoř, od hardwaru po plánování úloh. Doma provozuji homelab, kde služby testuji dřív, než jim začnu věřit. Patří k nim i vlastní hostované open-source jazykové modely.
Osobní web na malém cloudovém serveru, který jsem nastavil ručně, bez hostingové platformy a bez editoru stránek. Caddy obstarává HTTPS a bezpečnostní hlavičky, systemd udržuje služby v chodu a malý sběrač každých pět minut zaznamenává stav serveru.
Podívejte se, jak probíhá návštěva, nebo zkontrolujte stav serveru.
Malé programy, které běží celé ve vašem prohlížeči. V pískovišti molekulové dynamiky atomy kondenzují a vypařují se, prohlížeč zobrazuje molekuly ve 3D a k tomu je tu pár her. Nic z toho, co tam děláte, se neodesílá na server.
Otevřít hřiště