Projekte
Forschungspipelines, die ich entwickelt habe, die Rechentechnik dahinter und zwei Dinge, die Sie auf diesem Server gleich ausprobieren können.
Proteomweites Off-Target-Screening
Forschungspipeline
Wo bindet ein Wirkstoff sonst noch? Diese Pipeline prüft eine Reihe zugelassener Kinaseinhibitoren gegen alle vorhergesagten Proteinstrukturen des menschlichen Proteoms und eines Nematoden-Modellorganismus.
- Vorhergesagte Strukturen für jedes Proteom.
- Erkennung von Bindetaschen und Ähnlichkeitssuche gegen die bekannte Bindestelle.
- Inverses Docking jeder Verbindung in die ähnlichen Taschen, sortiert nach Ligandeneffizienz.
- Netzwerkbewertung, um Kandidaten an zentralen Stellen des Interaktionsnetzwerks zu finden.
- Artübergreifende Expressionsdaten, um die biologische Plausibilität der Kandidaten zu beurteilen.
Das Ergebnis ist eine geordnete Liste möglicher Off-Targets für die experimentelle Nachverfolgung. Die Pipeline ist so angelegt, dass sich ihre Vorhersagen in humanen Zelllinien und im Nematoden testen lassen.
Design synthetischer Rezeptoren
Forschungspipeline
Molekular geprägte Polymere sind synthetische Rezeptoren, die um ein Zielmolekül herum geformt werden. Diese Pipeline entwirft Kandidaten für Proteinziele vollständig in silico.
- Chemisch gültige Oligomere werden mit Reaktionsregeln aus einem Monomersatz aufgezählt. Die Ketten wachsen in Breiten- oder Tiefensuche, und die Arbeit wird auf Job-Arrays im Cluster verteilt.
- Die gesamte Bibliothek wird mit GPU-beschleunigtem Docking gegen das Ziel gedockt.
- Die Wechselwirkungen jeder Pose werden profiliert und ähnliche Bindungsmodi gruppiert.
- Die besten Kandidaten werden für die Molekulardynamik vorbereitet.
Die Kandidaten werden nacheinander nach rohen, beobachtbaren Kennzahlen sortiert statt nach einem gewichteten Gesamtscore. So lässt sich jeder Schritt der Rangfolge von Hand prüfen.
Schnellere Molekulardynamik auf GPUs
Benchmark-Studie
Lange Simulationen nützen nur, wenn sie fertig werden. Diese Studie hat gemessen, wie Hardwarewahl und Laufparameter den Simulationsdurchsatz auf GPUs verändern, damit Rechenzeit in das Sampling fließt statt ins Warten. Sie wurde mit einem Best-Poster-Preis ausgezeichnet.
Laborrechner und Homelab
Laufend
Ich habe Laborarbeitsplätze und ein kleines Rechenlabor aufgebaut und betreut, von der Hardware bis zur Jobverwaltung. Zu Hause betreibe ich ein Homelab, in dem ich Dienste teste, bevor ich ihnen vertraue. Dazu gehören selbst gehostete Open-Source-Sprachmodelle.
Eine persönliche Website auf einem kleinen Cloud-Server, den ich von Hand eingerichtet habe, ohne Hosting-Plattform oder Baukasten. Caddy kümmert sich um HTTPS und Sicherheits-Header, systemd hält die Dienste am Laufen, und ein kleiner Sammler erfasst alle fünf Minuten den Zustand des Servers.
Sehen Sie, wie ein Besuch abläuft, oder prüfen Sie den Serverstatus.
Kleine Programme, die vollständig in Ihrem Browser laufen. In der Molekulardynamik-Sandbox kondensieren und verdampfen Atome, ein Betrachter zeigt Moleküle in 3D, und dazu gibt es ein paar Spiele. Nichts davon wird an den Server gesendet.
Spielwiese öffnen